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年末調整システムの比較16選!タイプや選び方のポイントは?

年末調整システムの比較16選!タイプや選び方のポイントは?

最終更新日:2025-09-22

年末調整に関わる業務を効率化し、業務負荷の軽減を図りたい方へ。年末調整システムの導入メリットやシステムのタイプ、自社に合ったシステム導入のための比較ポイントを解説します。

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目次

年末調整システムとは?

年末調整システムとは、従業員からの申告受付や年末調整の計算、源泉徴収票や法定調書の作成・提出といった一連の業務を効率化するためのシステムです。

年末調整の時期には、担当者は大量の書類作成に追われるだけでなく、「書き方がわからない」「記入に不備がある」「提出が遅れている」といった従業員への対応にも時間を取られます。従業員数が多いほど業務量は膨大になります。

年末調整システムを導入することで、毎年の制度改正への対応や複雑な税額計算を簡単に行えるようになり、申告内容の確認や差し戻し後の修正もスムーズに処理可能です。またWeb上で申告できるので、テレワーク環境でも申告書を確実かつ迅速に回収でき、業務全体の効率化と負担軽減を実現します。

無料で利用できる年末調整ソフトとは?

国税庁が提供する「年調ソフト(年末調整控除申告書作成用ソフトウェア)」を利用すれば、年末調整手続きを無料で電子化することも可能です。申告書の作成機能に加え、電子化にあたり従業員へ説明するための資料も用意されています。ただし、このソフトは従業員が各自でインストールして作業を行う必要があり、担当者が進捗状況を一括管理できないといった制約も。利用者や利用シーンは限定的なのが実情です。

そのため、本記事では、より使いやすく効率的に運用できる、民間事業者が提供する年末調整システムを紹介します。

年末調整システムをお探しの方は、こちらからサービス紹介資料をダウンロードいただけます。

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年末調整システム導入のメリット

年末調整システムの活用は、年末調整業務を担当する総務・経理部門だけでなく、申告を行う従業員にとっても多くのメリットがあります。更に、書類の受け渡し作業が不要となるため、テレワーク環境でもスムーズに手続きを完了できる点も魅力です。

ここでは、総務・経理部門、従業員の双方からのメリットを紹介します。

1.総務・経理部門のメリット

計算ミスの削減

従業員情報や年間の給与データをもとに、過不足税額を自動計算できるため、金額計算の手間や人的ミスを大幅に削減可能です。システムによるデータチェックも容易になり、大量の数字を扱い、複雑な計算式が必要となる年末調整業務の効率化が進みます。

入力作業の負荷軽減

給与管理ソフトや労務管理ソフトなどと連携すれば、各従業員に対応したマイナンバーや住所地、扶養親族の情報など、年末調整の申請に必要な各種データを自動で取り込み可能。集めた年末調整の情報を各種給与システムと共有もできるので、申告書を見ながら手入力する手間が省けます。

差し戻し・回収業務の効率化

システム上で提出状況や申請内容を確認できるので、差し戻しや回収がスピーディーに行えるというメリットも。提出状況の把握、未提出者への催促メールの一斉送信、記載ミスや記入漏れなどの不備のある書類の差し戻しといった書類管理業務がスムーズになるため、担当者のストレス軽減にもつながります。

2.申告側(従業員)のメリット

ヘルプ・ガイド機能で入力負荷の軽減

年末調整の申告書には耳慣れない言葉が多く、どこに何を書けばよいのか迷うことが少なくありません。システムによっては、一問一答形式のアンケートに答えるだけで自動計算され、簡単に申告データを作成できるものや、入力項目ごとにヘルプ・ガイドが付いていて迷わず作成できるものがあります。

入力項目の削減/効率化

前年の年末調整データと連携できるシステムであれば、保険やローンなど変更のない項目を再入力する必要がなくなります。また、入力に不備や不足があれば自動でメッセージが表示されるため、余計な手間を省きつつ申告書の完成度を高められます。

 

年末調整システムのタイプ

年末調整を支援するシステムは、大きく以下の3タイプに分けられます。一連の年末調整業務の流れの中で、効率化を進める範囲や、関連する既存システムの利用状況を踏まえて、適切なタイプを選択しましょう。

1. 年末調整に特化したタイプ

質問に答えていくだけで申告データを自動作成できる機能や、従業員全員の年末調整の進捗を数値化して提出書類の集計・管理を容易にする機能など、年末調整の効率化に特化した機能を備えたシステムです。既存の給与計算システムと連携させて、年末調整機能のみを低コストで導入したい際などに適しています。

該当するシステムは、「オフィスステーション 年末調整」や「マネーフォワード クラウド年末調整」、「簡単年調」、「年調ヘルパー」など。

2. 給与計算システムで年末調整するタイプ

給与計算システムに年末調整機能が組み込まれているタイプ。勤怠管理システムと連携するなどして得た給与データをもとに、自動で年末調整を計算できます。所得税の計算にあたって、入社時に従業員に入力してもらった扶養情報などをそのまま活用できるため、入力の二度手間やミスの軽減にも有効。月例給与や賞与計算とあわせて、年末調整を一元管理したい場合におすすめです。

該当するシステムは、「ジンジャー給与」「フリーウェイ給与計算」など。

3. 労務管理システムで年末調整ができるタイプ

人事・労務管理システムに年末調整機能が備わっているタイプです。最新の従業員データと連動し、年末調整だけでなく入退社、結婚、引越しなどライフイベントに伴う労務手続きをWeb上で完結できます。年末調整業務の効率化とともに、労務管理システムの導入も考えている場合は、こちらのタイプがおすすめです。

該当するシステムは、「SmartHR労務管理」「クラウドハウス労務」「弥生給与 Next」など。

 

年末調整システムの比較ポイント

ここでは、システムやソフトを選ぶ際に押さえておきたい比較ポイントを3つ紹介します。

1.入力方法が申請者にとってわかりやすいか

Web上で申請を完結させるには、入力項目のわかりやすさが重要です。申請者の負担を軽減するだけでなく、バックオフィスへの問い合わせや入力不備による差し戻しを減らせるというメリットもあります。

たとえば、「マネーフォワード クラウド年末調整」は、「はい・いいえ」の質問に答えるだけのアンケート形式でスムーズに入力可能です。「簡単年調」では、従業員に合わせて入力フォームの表示が切り替わるため、迷うことなく必要な情報を入力できます。

2.提出状況の管理機能が使いやすいか

従業員の提出状況や記入内容を管理する機能の使いやすさも、重要な比較ポイントです。

たとえば、「簡単年調」は、未提出者リストを作成し、対象者へ催促メールを一括送信できます。

「奉行Edge 年末調整申告書クラウド」では、従業員から書類が提出されるたびに、提出状況がリアルタイムで自動更新されます。

「年調ヘルパー」は、提出状況の一覧確認に加えて、そのまま申請内容の修正や差し戻しまで処理可能です。

管理画面上で更新内容をすぐに確認できるほか、当年分と翌年分の扶養控除等異動申告の内容に差異がある場合には変更点が検出され、担当者へ通知されます。また、不備がある場合の対応については、担当者が直接修正するか、コメントを付けて差し戻すかを選択できるため、確認作業の負担を大きく軽減できます。

3.外部システムとの連携に優れているか

既存の勤怠管理や給与管理、労務システムと連携できれば、導入時の手間を大幅に抑えられます。連携方法には、システム同士を直接つなぐAPI連携や、CSVファイルによるデータ連携などがあります。

たとえば、「マネーフォワード」や「freee」などのように、バックオフィス全般をカバーするシリーズ製品を導入すれば、年末調整だけでなく他業務の効率化にもつなげられます。

なお、連携の可否だけでなく、どの程度の調整が必要か、また連携作業にかかる手間がどのくらいかを事前に確認しておくと安心です。

 

主な年末調整システム(年末調整に特化したタイプ)

サービス名 特徴 料金
オフィスステーション年末調整 PC・スマホから最短3分で書類提出が完了。アラカルトチョイスによる高い拡張性も特徴 年額500円/名、登録料10万円
マネーフォワード クラウド年末調整 年税額の自動計算や訂正・修正、行政機関への電子手続きなど後工程にも強み 月額2,480円/50名以下(年払いの場合)
簡単年調 従業員がスマホで証明書を撮影・アップロードするだけでデータ化が完了 要問い合わせ
年調ヘルパー スマホから質問に答えるだけで申告が完了。低コストで導入・運用できるのも強み 年額300円/名、初期費用50,000円
奉行Edge 年末調整申告書クラウド 一人あたり月額約45円で利用できるコスパ。データ保管やPDF出力にも対応 年額10,800円/20名まで

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オフィスステーション 年末調整(株式会社エフアンドエム)

オフィスステーション年末調整公式Webサイト

(出所:オフィスステーション 年末調整公式Webサイト)

50,000社以上に導入されている労務管理システムシリーズ「オフィスステーション」。年末調整、労務、給与明細、有給管理、マイナンバー管理といった多彩なシステムがそろう。
中でも年末調整システムは、他社の給与・勤怠システムとAPIやCSVで連携でき、電子申請にも対応。社会保険労務士有資格者や実務経験者が在籍するなど、サポートデスクも充実している。必要な機能を組み合わせて利用できるアラカルト型を採用しており、必要な機能だけを無駄なく導入できる点が人気。

  • 料金:年額500円/名、登録料10万円 ※従業員数が20名以下の場合、年額一律10,000円

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マネーフォワード クラウド年末調整(株式会社マネーフォワード)

マネーフォワード クラウド年末調整公式Webサイト

(出所:マネーフォワード クラウド年末調整公式Webサイト)

会計ソフトで知られるマネーフォワード社が提供する、クラウド型の年末調整システム。他社の給与計算ソフトとも連携できるため、現在利用している給与計算ソフトを変更する必要なく、年末調整システムのみ単体で導入が可能。
Web上で書類配布から入力・回収・提出、回収状況の確認、訂正・修正まで完結し、年税額の自動計算も行える。申請者は「はい・いいえ」の質問に答えるだけのアンケート形式で入力を進められるため、負担軽減にも寄与。更に、e-Tax・eLTAXと連携し、行政機関への電子申告にも対応している。

  • 料金:月額2,480円(50名以下・ひとり法人プラン、年払いの場合)

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簡単年調(株式会社エコミック)

簡単年調公式Webサイト

(出所:簡単年調公式Webサイト)

同業アウトソーサーや社労士法人、税理士法人からの受託も豊富な年末調整システム。
従業員は証明書をスマホで撮影・アップロードするだけで申告が完了し、専門知識がなくても正しく処理可能。入力はアンケート形式で進められ、扶養控除や保険料控除の自動計算、前年度データの引き継ぎにより、申告作業を効率化。申告内容の確認や訂正依頼はすべて同社が代行するため、HR担当者の手間や工数も大幅に削減できる。
未提出者への自動督促や進捗確認ができるダッシュボード、PDF一括出力や給与システムとの連携など管理機能も充実。クラウドと紙申告の併用にも対応し、ミス発生率0.03%以下の高精度で安心の年末調整を実現する。

  • 料金:要問い合わせ

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年調ヘルパー(株式会社クリックス)

年調ヘルパー公式Webサイト

(出所:年調ヘルパー公式Webサイト)

申告者・管理者の双方の負担を大幅に削減できる、年末調整申告支援システム。スマホやPCからアクセスし、画面上のガイドに沿って質問に答えるだけで、専門知識がなくても正しく申告できる。
扶養控除や保険料控除の自動計算、前年度の申告データ引き継ぎ、スマホで撮影した証明書データのアップロード機能も備え、申告の手間を削減。
社員番号や部署などのデータ検索にも対応し、提出状況を一覧化でき、入力内容の確認・修正・差し戻しもシステム上で完結。
申告書データ確定後はCSVで一括出力でき、社内の給与システムに取り込むことでシームレスに計算業務を進められる。

  • 料金:年額300円/名、初期費用50,000円

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奉行Edge 年末調整申告書クラウド(株式会社オービックビジネスコンサルタント)

奉行Edge 年末調整申請クラウド公式Webサイト

(出所:奉行Edge 年末調整申請クラウド公式Webサイト)

「勘定奉行」のOBCが提供する従業員向けシリーズ「奉行Edge」による、クラウド型の年末調整システム。
PCやスマホのWebブラウザから申告書を作成し、控除証明書などを電子データで提出できる。最新の法改正に完全準拠しており、国税庁が推奨する環境での年末調整業務を実現。マイナポータルとの連携も可能。
また、CSVデータを読み込むことで他社の給与システムとの連携も容易。更に、ほかの奉行製品と組み合わせれば、給与業務や法定調書作成、マイナンバー関連業務まで幅広く対応できる。

  • 料金:年額10,800円(20名まで)、初期費用無料

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主な年末調整システム(給与システムを利用するタイプ)

サービス名 特徴 料金
ジンジャー給与 従業員ごとに、給与または賞与で過不足税額を精算可能 月額300円〜/名、初期費用あり
フリーウェイ給与計算 従業員5名までは無料で利用できる。給与明細を作成しない年末調整に対応 月額1,980円/6名〜無制限

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ジンジャー給与(jinjer株式会社)

ジンジャー給与公式Webサイト

(出所:ジンジャー給与公式Webサイト)

労務管理や給与管理、勤怠管理などを提供する、クラウド型人事労務システム「ジンジャー」シリーズのクラウド型給与計算システム。従業員データベースは無料で利用でき、必要なサービスを組み合わせて選択する仕組みを採用している。
「ジンジャー人事労務」と従業員情報を連携することで、1年間に支払った給与データをもとに自動で年末調整を計算。保険料や控除額の計算負担を大幅に削減できる。更に、過不足税額を給与精算か賞与精算かで従業員ごとに選べるのは、給与計算システムならではの特徴。
「ジンジャー」シリーズ以外の他社システムともCSV形式で連携可能で、柔軟な運用ができる。

  • 料金:月額300円〜/名、初期費用あり

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フリーウェイ給与計算(株式会社フリーウェイジャパン)

フリーウェイ給与計算公式Webサイト

(出所:フリーウェイ給与計算公式Webサイト)

年末調整の自動計算や、電子申告ファイルe-Tax、eLTaxの出力にも対応した給与計算ソフト。各種保険の管理や給与・賞与のWeb明細を作成し、従業員にメール配信もできる。クラウド型なので、保険料率の変更や税率の改正も随時反映。常に最新の機能を利用できる。
年末調整機能としては、給与・賞与明細から総支給額などを自動計算できるほか、年末調整結果の一覧表の作成や中途入社社員の前職情報の入力も可能。
料金は5名までは永久無料、6名以上は人数無制限で月額1,980円の固定制となっている。まずは無料で導入し、会社の成長に合わせて有料プランへ移行できる柔軟さも魅力。

  • 料金:月額1,980円/6名〜 ※5名までは永久無料

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主な年末調整システム(労務管理システムを利用するタイプ)

サービス名 特徴 料金
SmartHR労務管理 依頼確認・ステータスを一目で把握。スマホからアンケート形式で回答・書類提出ができる 要問い合わせ
クラウドハウス労務 雇用契約書・文書配布の電子化を標準機能。必要機能を選択して導入できる 要問い合わせ
freee人事労務 セットアップガイドで初期設定を素早く完了し、最短工数で年末調整を開始可能 月額400円~/名
ジョブカン労務HR 5名まで無料で利用可。従業員のマイページ発行や入力依頼機能で工数を削減 月額400円/名
HybRid 保険料控除証明書の画像添付に対応。承認ルート設定や更新漏れ防止アラートを搭載 要問い合わせ
HRBrain労務管理 従業員が入力した情報を蓄積し、人材データの一元管理をシームレスに実現 要問い合わせ
ジンジャー人事労務 年末調整はアンケート形式の質問に回答するだけ。人事データは一画面に集約できる 月額300円~/名、初期費用あり
ロウムメイト 年末調整の記入・提出・回収がスマホで完結。社労士へのアカウント共有も可能 要問い合わせ
弥生給与 Next 各種控除申告書の配布・回収・修正がオンラインで完了。法定調書も取得データをもとに自動作成 月額4,600円/基本利用人数3名(ベーシックプラン)

SmartHR労務管理(株式会社SmartHR)

SmartHR労務管理公式Webサイト

(出所:SmartHR労務管理公式Webサイト)

登録社数70,000社突破の労務管理クラウドサービス。スマホからの手続きも可能で、直感的に操作できるUIや、抜け漏れを防ぐToDoリストによって使いやすさを実現している。
年末調整では、従業員がアンケート形式で回答を進めるだけで申告から書類提出まで完了でき、ミスや問い合わせが多い設問にはヒントメッセージを表示。前年の情報を引き継げるため、申告がスムーズに進められる。
一斉依頼に加え、部署や雇用形態ごとに依頼もでき、柔軟な回収にも対応。更に、保険料や控除額の自動計算、住宅ローン控除申告書の作成機能などにより、担当者の業務負担を大幅に軽減する。

  • 料金:要問い合わせ

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クラウドハウス労務(株式会社Techouse)

クラウドハウス労務_公式Webサイト

(出所:クラウドハウス労務公式Webサイト)

専属担当者による手厚いサポートと、直感的な操作画面が強みの労務管理システム。ヒアリングシートを活用してタスクを整理しながら業務設計や初期設定を進め、導入後も継続的にフォローが行われる。
年末調整ではシステム上に情報を集約でき、労務担当者・従業員双方の手間を大幅にカットしながらペーパーレスで完結。入社手続きでは従業員から各種情報やマイナンバーを収集し、雇用契約書を自動作成。オンライン署名により契約の確認・管理がスムーズに行える。
機密情報は暗号化データベースで安全に管理され、年末調整や入退社手続き、雇用契約、身上変更などに幅広く対応。給与計算や勤怠管理は他システムと連携し、労務管理に特化したシンプルな作りも特徴。

  • 料金:要問い合わせ

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freee人事労務(フリー株式会社)

freee人事労務公式Webサイト

(出所:freee人事労務公式Webサイト)

クラウド会計ソフトで知られるfreee社が提供する、中堅・中小企業向けの労務管理システム。給与計算や年末調整に加え、入社手続き・勤怠管理・給与明細作成など幅広い業務をカバーし、人事マスタの管理を効率化。
年末調整では、従来のExcelや紙での作業と比べて所要時間を1/5に削減できた事例も。電子申告義務化の要件に対応しているため、書類提出までペーパーレス化できる。
勤怠APIを公開しており、他社サービスとの連携もスムーズ。「SmartHR」とのAPI連携により従業員情報を自動で同期でき、二重登録の手間なく機能拡張が可能。

  • 料金:月額400円~/名(ミニマムプラン、年払いの場合)、初期費用なし ※5名から利用可能

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ジョブカン労務HR(株式会社DONUTS)

ジョブカン労務HR公式Webサイト

(出所:ジョブカン労務HR公式Webサイト)

ワークフローや勤怠管理など累計25万社の導入実績を誇る、「ジョブカン」シリーズの労務管理システム。
年末調整の手続きはもちろん、マイナンバーの収集・管理や人材情報の管理、ストレスチェックなどにも対応しているため、年末調整を含めた労務管理全体をシステム化したい企業に適している。
勤怠管理、給与計算を加えた計3サービスがセットになった「人事労務バリューセット」(月額800円〜/名)では、過不足額を給与にワンクリックで反映したり、帳票にマイナンバーを出力したりといった操作も可能。スマホやタブレットからWebブラウザを通じて、いつでもどこからでも申請できる点もメリット。

  • 料金:月額400円/名 ※5名までの無料プランあり

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HybRid(ハイブリッド)(株式会社CSS-consulting)

HybRid公式Webサイト

(出所:HybRid公式Webサイト)

社労士監修によるシンプルで使いやすい、クラウド労務管理システム。年末調整では、従業員がスマホから「はい・いいえ」で答えるだけで申告が完了し、管理部門は自動入力や計算機能によって作業負担を大幅に削減。未提出者への再依頼もワンクリックで済むため、煩雑な書類配布や回収は不要に。
更に、入社手続きや住所変更、同意書回収、マイナンバー管理、給与明細配布などもオンラインで完結。厚労省様式に準拠した労働条件通知や更新アラート機能も備え、漏れやリスクを防止する。

  • 料金:要問い合わせ

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HRBrain 労務管理(株式会社HRBrain)

HRBrain 労務管理公式Webサイト

(出所:HRBrain 労務管理公式Webサイト)

タレントマネジメントをはじめ、人事労務関連のサービスを展開する「HRBrain」シリーズの労務管理システム。
年末調整のほか、入社手続き・社員名簿・電子申請・退社手続き・マイナンバー管理など、入社から退社までの一連の人事労務手続きをペーパーレス化・効率化する。
ポイントは、年末調整に必要な書類作成をシステム上で完結できるところ。従業員は、フォームに表示される設問に回答していくだけで手続きが進められる。入力内容は一時保存できるので、確認が必要な項目も後で入力が可能。

  • 料金:要問い合わせ

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ジンジャー人事労務(jinjer株式会社)

ジンジャー人事労務公式Webサイト

(出所:ジンジャー人事労務公式Webサイト)

年末調整や入社手続きなどの労務手続きを、オンライン上で完結できる人事管理システム。従業員が入力した情報は自動で人事データベースに反映され、年末調整もアンケート形式の質問に答えるだけで完了する。人事情報の入力フォーマットはメールで送付でき、従業員はスマホから簡単に入力可能。送信先アドレスのCSV取り込みや一斉送信にも対応し、事務作業の負担を大きく軽減できる。
人事データベースは経歴をタイムラインで表示したり、顔写真付きの組織図として可視化したりできるため、必要な情報にすぐアクセスでき、更新も簡単。

  • 料金:月額300円~/名、初期費用あり ※詳細は要問い合わせ

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ロウムメイト(株式会社カオナビ)

ロウムメイト公式Webサイト

(出所:ロウムメイト公式Webサイト)

タレントマネジメントシステム「カオナビ」の運営会社による労務管理システム。PCやスマホ、タブレットといった各端末から利用でき、労務に関わる申告や手続き、書類回収・管理をWeb上で一元化。年末調整の申請書も配布から提出、回収までオンラインでできる。
「どこに」「何を」入力するかがわかりやすいシンプルなインターフェースで、手作業で生じがちなミスや差し戻しを減らすだけでなく、税制改正などの変更もシステムに随時反映されるため、チェック作業の負担も軽減される。
更に、社会保険労務士にもアカウント提供できるので、情報共有もスムーズ。

  • 料金:要問い合わせ

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弥生給与 Next(弥生株式会社)

弥生給与 Next_公式Webサイト

(出所:弥生給与 Next公式Webサイト)

給与計算・年末調整・勤怠管理・労務管理を効率化するクラウドソフト。年末調整は、Web回収した各種控除申告と各月の給与データをもとに自動で年税額を計算し、法定調書まで作成できる。
更に、給与計算から明細書作成、配布まで自動化され、オンラインで完結。勤怠管理は自社の就業規則に合わせて柔軟に設定でき、保険や入社手続きも行政への申請までシステム上で処理可能。大幅な作業効率のアップに貢献する。
最大3カ月無料でお試しできるため、導入までじっくり検討できるのもポイント。

  • 料金:月額4,600円/基本利用人数3名(ベーシックプラン、年払いの場合)、初期費用なし

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まとめ

年末調整システムとは、従業員の申告受付から計算、各種書類の作成・提出までを効率化する仕組みです。

年末調整システムには、以下の3タイプがあります。

  1. 年末調整に特化したタイプ
  2. 給与計算システムで年末調整するタイプ
  3. 労務管理システムで年末調整ができるタイプ

タイプを選んだうえで、以下のポイントも考慮しながら、自社にあったシステムを絞っていくとよいでしょう。

  1. 入力方法が申請者にとってわかりやすいか
  2. 提出状況の管理機能が使いやすいか
  3. 外部システムとの連携に優れているか

年末調整システムを導入すれば、担当者だけでなく従業員の業務効率化も期待できます。従業員数が少ないうちは無料で利用できるものやトライアル期間を設けているサービスも多いため、まずは使い勝手や業務の変化を体験してから導入を決めるのもおすすめです。

年末調整システムをお探しの方は、こちらからサービス紹介資料をダウンロードいただけます。

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